In het oorspronkelijke 'Mario vs. Donkey Kong' probeerde Mario alle Mini Mario's te vinden... maar deze keer moeten zij de boel redden. Spelers gebruiken de stylus en het Touch Screen om de Mini Marios door verbijsterende levels vol obstakels te leiden. In Mario vs. Donkey Kong 2 kunnen spelers hun eigen levels bouwen met een nieuwe 'level editor'.

Als een level eenmaal is gemaakt, kunnen spelers het de hele wereld rondsturen dankzij Nintendo Wi-Fi Connection. Spelers kunnen de Nintendo Wi-Fi Connection ook gebruiken om levels te downloaden die door anderen zijn gemaakt, de player-rating te bekijken en toegang te krijgen tot speciale bonussen. Puzzelfans zullen deze unieke elementen beslist geweldig vinden.