In Crash Bandicoot 2: Cortex Strikes Back is Crash een stuk beweeglijker geworden: hij kan skaten, bukken, salto's maken, duiken en glijden, en hij kan aardig uit de voeten met een jet-pack en een gemotoriseerde surfplank. De game-structuur is ook minder rechtlijnig en komt nu met vijf verschillende beginlevels en meer afdwalende paden. Crash Bandicoot, de 'Blunderaar van Down Under', is terug voor een partijtje matten! Cortex ontdekt dat de planeten binnenkort op één lijn staan en een zonneflux zullen veroorzaken - en alleen de kristallen hebben het vermogen om deze ontzaglijke kracht te bedwingen. Cortex is vastbesloten om zijn gemene daden uit het verleden goed te maken en hij ontwikkelt een nieuwe, door kristallen aangedreven Cortex Vortex die de zonne-energie zal opvangen en veilig zal laten verdwijnen. Er zijn nog 25 kristallen nodig voor de vereiste krachtmatrix. Cortex weet dat er maar één held is die een kans van slagen heeft - Crash Bandicoot! De vorige keer dat we Crash zagen had hij net de boosaardige Dr Cortex verslagen, die op kruissnelheid richting Aarde suisde. In Crash Bandicoot 2 komt Cortex bij kennis en vindt zichzelf in een donkere grot vol glinsterende kristallen. Hij is er zeker van dat ze enorme kracht bezitten, dus hij pakt er een en kruipt er mee terug naar zijn laboratorium om het te onderzoeken.